嘉庆帝回宫，第二天圣旨下来，封皇次子为智亲王，每年加给俸银一万二千两；志加封郡王衔，每年加给俸银一千两。每人赏一件貂褂、一个碧玉扳指。接着，又下罪己诏道：

这次禁城平乱，除皇次子及贝勒志外，要算仪亲王永璇、成亲王永理最为出力。两亲王都是嘉庆帝的阿哥。嘉庆帝对待兄弟，颇称和睦，不像那先祖的薄情。所以平日仪、成两邸，很有点势力。此次留守禁城，督剿教乱，又蒙嘉奖。将所有未经开复的处分，一概豁免。革步军统领吉纶及左翼总兵玉麟职；命尚书托津英和回京查办余逆；饬陕西总督张彦成为钦差大臣，督兵飞剿河南。然后从白涧回銮。英和画像托津英和到了黄村，闻教首林清已经擒住，赶即进京。自九月十五日起至十九日，雷电不绝，风雨交作，镇日里是尘雾蔽天，昼夜差不多的光景。因此，京城里面，人心恐慌，谣言四起。亏得托津英和等已经到京，方晓得銮舆无恙。二十三日，嘉庆帝亲御瀛台，讯明教首林清及通教诸太监，证供属实，均令凌迟处死，传旨畿内。是时，李文成胫疾未愈，不能远出，众教徒又为官兵所阻，均聚集道口镇。钦差大臣那彦成偕提督杨遇春，率兵至卫辉府。遇春向来英勇，即日带亲兵数十名，由运河西进，直至道口，遇着教徒一队，约有数千人，当即大呼突击，策马先驱。教徒见他黑旗远扬，知是杨家将，先已惊慌得很，纷纷渡河遁回。遇春追过了河，擒斩教徒二百多名。方拟回营，检点亲兵，尚少二人，复冲入敌队，夺还二尸，始暂归北岸，待那彦成到来，一齐进兵。不想等了两日，那钦差竟不见到。原来，那彦成到了卫辉，本想即日进兵，因接高抚台来文，内说教徒势大，也有些胆怯，拟俟调山西、甘肃、吉林索伦兵来助，然后进战。遇春是个参赞，逆不过大帅，只得日日等着。亏得嘉庆帝闻知消息，严促那彦成进兵，方不敢违慢，驰至军营。杨遇春进攻道口镇，教徒出营探望，瞧见杨家军又至，齐声叫道："不好了！不好了！髯将军又来了。"遇春年已将老，颏下多髯，因此教徒称他"髯将军"。髯将军一到，教徒弃营而遁。一边逃，一边追。那钦差又渡河策应，克服桃源，进围滑城。

忽探马来报："尚书托津已平定直隶教匪，所带的索伦兵，已奉旨来助剿滑城。"接连又报道："山东的教匪，也被盐运使刘清剿杀净尽。"那彦成向杨遇春道："直隶、山东统归平靖，只河南未平，滑县又是古滑州旧治，城坚土厚，一时不能攻下，奈何？"遇春道："刘清文吏，尚建奇功；参赞受国厚恩，誓破此城，擒这贼首。"那彦成道："刘清向称刘青天，不特能文，兼且能武，真不愧本朝名臣。老兄亦是本朝人杰，成功应在目前，不必着急。"正谈论间，索伦兵已到，由那彦成召入，令随杨遇春攻城。遇春督兵开炮，弹丸迭发，打破城墙外面，中间却是不动，反把弹丸颗颗裹住。经遇春仔细察看，方知城土裹沙，炮遇土则入，遇沙则止，所以不能洞穿。遇春连攻数日，总不能破，又用了"掘隧灌水"的计策，亦被守兵察觉，统归无效。是时，杨芳仍任总兵，也在营中，便献计道："这城坚固难下，若要攻入，必须多费时日。愚意不如三面围攻，留出北门，待他出走，掩杀过去，方可得手。"遇春依计，便将北门留出。果然这日黄昏，桃源教首刘国明从北门潜入，护李文成出城，将西走太行山。杨芳连忙追击。文成走入辉县山，据住司寨。杨芳奋勇杀入。正在乱剁乱斫的时候，猛见里面火光冲起，直透云霄，教徒统已四散。杨芳驰入寨中，扑灭了火，拨出文成尸首，已是乌焦烂黑。当下，收兵回到滑城。滑城尚未攻入，杨芳佯向北门筑栅，似乎要四面兜围。守兵专力攻御，他却到西南角上暗掘旧隧，装满火药。等到夜半，令官兵退下三里，甲骑以待；自率亲卒，燃着药线，引入地道。药性爆发，宛似天崩地陷，把城墙轰坍二十多丈，砖石上腾，尸骨飞掷。

官兵争先夺城，蚁附而入。守城首领牛亮臣、徐安国等巷战许久，都被擒获，槛献京师磔死。滑县平定，天理教徒悉数殄灭。那彦成得晋封三等子，授太子太保；杨遇春三等男；杨芳、刘清等赏赉有差。强克捷首发逆谋，为教徒所害，赐谥忠烈，世袭轻车都尉，饬于滑县及原籍韩城建立专祠。那彦成拟请入觐，朝旨命移剿陕西三才峡教乱。三才峡教乱，多是木商夫役，岁饥停工掠食，地方官下令捕缉，他们即推了万二为首领，纠众抗命。巡抚朱勋，张皇入告，托词"教匪作乱"，因此朝命那彦成迅速赴剿。及那彦成到陕，这个万二，已由总兵祝廷彪、吴廷刚二人破灭掉了。此后，各地乱民，亦时思蠢动。江西百姓胡秉辉，买得残书一本，内有阵图及俚语，假称天书，拥朱毛俚为首领，居然设立国号，叫作后明。适阮元调任赣抚，率兵密捕，把朱毛俚、胡秉辉等一齐捉住，首犯凌迟，从犯斩决。安徽百姓方荣升，伪造匿名揭帖，上印九龙木戳，散布大江南北。江督百龄，多方侦探，竟得首从主名，拿到百数十人，先后正法。云南边外夷民高罗衣，聚众万人，劫掠江外土司，自称窝泥王，被滇督百龄击破，罗衣走死。