解职归田23年以后，申时行在原籍苏州度过了他按中国习惯计算的80寿辰。万历皇帝已多年不见他的老师和首辅申先生，他特派专使赴苏州祝贺存问，随带纹银50两、绣蟒彩缎一匹、其他绸缎4匹作为贺仪。当时申时行的健康情况已经不佳，但仍然挣扎着北向行礼如仪。他在秦本里表示感谢说，祝贺寿辰的圣旨已经供奉保存，以为子孙传家之宝，银缎则全部壁还，因为他无颜接受这样隆重的礼物。他身为皇帝的蒙师和首辅，但是未能克尽自己的职责。如果不是这样，何至理应继承大统的皇长子到现在还没有在翰林院的官员那里就读？又何至京内外大量的缺官无人递补？据说，万历读完奏章以后感到怅惘，但仍然无意于接受这含蓄的劝谏。
申时行把他的书房命名为“赐闲党’。上天已经赐给他闲暇，他就用来游山玩水，写字吟诗。可是很显然，不论是站在太湖之滨看着无情的浪涛拍击已被港蚀的崖岸，还是坐在书房里用典雅的韵文描写着烟雨零零的江南暮春，他都没有能忘情于世事。这23年中，他留下了一大批作品，在身后由家人结集镌版，是为《赐闲堂集》书中诗文内容涉及的各方面很广泛；但是一有机会，对往事的回忆和感慨总是很自然地在笔下流露。诗文中有不少暧昧、隐晦甚至前后矛盾的地方，然而我们并不能草率地认为他的著作有意欺人。从字里行间可以看出，他对他的一生功过有自己的看法，并且对这种看法具有信心。生当末世而身居首辅，他的困难带有时代性，其中情形特别，不是从组织上和技术上可以解决的。他没有明确的法律条文可资遵循，他只能依靠道德习惯和人事的手腕来应付一切。其中有内外参差之处，已不待言。在退职闲居以后，这位昔日的首辅对自己的过去毫无忏悔之意。他的思想平静，他的良心没有遗憾，因为形格势禁，他只能用调和折衷的办法来解决问题。他自信他在执政期间的所有措施均出自诚意，这一大前提使他们心无愧，至于成败利钝，那又并非他个人的力量所能左右。
他当然听到过别人的批评。有人说 张居正 (《万历十五年》人物)虽然刚愎自用，毕竟还有所成就；而忠厚长者申时行的记录却如同一张白纸。对这些抹杀事实的意见，申时行自然不为所动。在他看来，以道德力量作为施政的根本，关键在于防止坏事发生，而不在于琐屑地去解决问题。如果真像批评者所说他的施政记录是一张白纸，这反倒证明了一切都已纳入规范，机构运转正常，因此无事可记。然则申时行自己明白，他没有能达到这个最高目的。至少，他这个皇帝的最高顾问，没有能找到一个大家都能接受的方案去解决继承问题。他竟为此而去职。对于这个问题，如果说有些人犯了错误，那他申时行的差失，也不会比旁人更严重，最低限度不会与二辅许国的错误相提并论。他身居首辅，处心积虑地想在幕后不动声色地解决这个难题，而许国偏偏不能体恤时艰，将折冲于博温之间的底细，全盘托底公布，以致弄到不可收拾。
申时行虽然号称谦虚抑让，但毕竟没有达到唾面自干的境界。他无意于接受那些在他看来是不中肯的批评，否则，他又何必把过去的事实和自己的看法来回反复地写入自己的诗文里，而且嘱咐儿子们在他身后结集刻印？显然，他期里后来的读者稍一思索，就能理解他施政措施的真正意义，并且承认他的成就超过了表面上的平凡。
今天重读《赐闲堂集》入恐怕多数读者可以承认，申时行在文渊阁的八年半时间里并非完全尸位素餐。他在行政上的成就，往往得力于微妙的人事安排。这样的方式本来就带有间接性，而他在执行时既不采取大刀阔斧的方式，也不多加渲染，这样，他的成绩就很少为人所理解，也更少为人所仰慕。举一事即可为证：假如他真是除了忠厚和平以外就一无可取，那么在他执政时期发生的黄河泛滥问题，一定比实际情形要严重得多。
自古以来，治理黄河就是我们帝国的一大难民由于河水流经黄土高原，疏松的黄土随着河水顺流而下，沉积于河床；河床过高，一旦遇到洪水，就极易冲决河堤，造成严重的水灾。每次决口，生命财产的损失均不可胜记。
可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置；其中技术上的问题和人力物力的动员，都需要这位钦差大臣在他职责范围之内就地解决。根据过去的经验，大规模整理河道，地区往往涉及数省，有时填高凿低，等于改造地形。在这样巨大的规划之中，自然会有意见纷纷，莫衷一是。有时尚未开工，争执已起。所以中枢虽不直接领导工程的设计和进行，但是它所采取的立场，却必然对全盘形势产生决定性的影响。如果一个总理河道的御史执行他的规划尚未及半，突然被参免职，而他的继任者又采取完全相反的主张办事，则百万生灵，就可能牺牲在这种官僚政治之下。
首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办、法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至造堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。
在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳银”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周捆紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿祝。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓促抢护而成的士堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。
对这样规模浩大的工程，中央政一府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深受众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。
潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在1584年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民1587年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。1588年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称措练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。
1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学土讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570一1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。
俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子接力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失免和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向一}一扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诺部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。
1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天疮发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洗泥副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王褡力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洗河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。
然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信格力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如果边防的情况依然故我而本朝与蒙古人贸然交兵，纵使在局部地区取得胜利，这联绵几千里的边防线，终归是要被对方冲破的。说到底，即使本朝的军队获捷一百次，也不能宣布占领了大沙漠；而对方取得一次决定性的胜利，则可以使本朝彻底垮台。
这一次处理边境危机的经过，更清楚地阐释了我们帝国的特质，从此中看出：军事机构受文盲控制不是没有理由的。边防需要作出全面计划和长久打算，动员的程度则既不可过低也不可过高。一般说来，全国的情况有千差万别，不容许中枢见事过问。因之皇帝的领导多少带有抽象性，应当集中全力鼓舞臣工，而不必在每时每事上加以处处干预。然则在紧要关头，皇帝左右全局决定和战的领导力量，却又千万不能等闲视之。就在这燥热的1590年夏天，申时行因为有了万历皇帝的支持，终于避免了一场以国运为赌注的战争。对这使他更进一步地体会到了本朝传统的优越性：让年轻的太子受傅于翰林学士，实在是高瞻远瞩。日后太子登极，翰林学士也被摆升，初为内阁中的副手，再遇机缘遂成首辅，这不仅保持了中枢人事的连续性，而且凭着老师和学生的亲切关系，可以使许多棘手的事情轻易而圆满地得到解决。
首辅和万历在1590年一一历8月25日的谈话，是记录中的最后一次。表面上看来，师生君臣问的讨论似乎散漫无重点，而实际上申时行以极为谦卑的语调，达到了当面禀奏的目的。磋商的结果，所有的总督巡抚都供职如故，没有人因为这次边境出事而被撤职或受到其他处罚，这表明皇帝对边区各地方官的信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已20年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置像。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。
之天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑雅被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑雄乘卜失免企图与大落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野’的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。格力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大业，此是后情，也不在本书叙述范围之内。这位酋长并非别人，据当日记录称，他名叫 努尔哈赤 (《万历十五年》人物)。若干年之后，他的庙号则为清太祖。
很多历史学家没有提到申时行和持力克之间的这段纠葛，更想不到他和下一个王朝的创业人还有过这一段因缘。在历史学家看来，申时行一生做官执政的最大功罪都应以万历年间的立储问题为始终。
多数文官对申时行深感不满。最初万历皇帝起下了废长立幼的念头，就已经是不德不义了。申时行身居首辅，他自应以去职力争，不得已就应当以生死力争。他是第一个可以在御前说话的人。如果采取了这样坚决的态度，即使因此而去职甚至牺牲，他的继任者也会不得不仿效他的做法，加上廷臣的舆论又是如此一致，皇帝就会被迫接受公议，以后的僵局也就不会发生了。
作这样评论的人完全忽略了申时行的性格和他的处世方针。正由于态度温和，申时行才获得皇帝的信任并建立了亲切的关系。多年来，这位首辅正是巧妙地利用这种关系，促使皇帝的一举一动接近于文官集团的期望。天子既要使用他人间的绝对权威而又不能掺进他个人的爱憎，这本来就不容易恰到好处，而要申时行采取硬性办法督促，事实上也是无法做到的。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常询刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常治为太子。在问题刚刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。
立储问题会成为万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文堂在御前接受了象征权力的“节”，在礼官乐师的簇拥之中向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以在严稳重的态度把“货’、余印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中接与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼既由朝廷中最高的文武官员主持，则被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为国家机构中的一个正式成员。以对连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那么来日她的儿子常相可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。
但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之地曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得他，今朝橄李赋，参和《小星》篇。”他深感天子虽为天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系，申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主意，他的是上兼学生不是一个没有理智的人，假以时日，他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中，接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小，小事化了”的办事方针，并不能永远做到弥息补照，相反，有时造成的严重后果，竟会大大超出他的始料所及。
申时行在1583年担任首辅。开头的两年，他的前任张居正一案得到解决。这个问题一天不弄得水落石出，万历和他的老师就一天不知道彼此的真正意图。到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了1586年初，常询出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励一精一图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝不接受他的意见，天下臣民必将视之为无道，而列祖列宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示说此人语无伦次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的未批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既已开端，至1587年就更加恶化。
申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则基于对本朝政治制度的深刻了解。在这种特殊的制度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义所在，丝毫不放松，则只有一逼一使对方采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝不能让位推贤，他所能采取的方式是怠工，即不出面主持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾虑到有这种可能性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。
在这一年还未到岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包一皮括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中之一环。平心而论，在本朝历史上，万历皇帝不能算是过分地运用厂卫钳制臣燎的君主。然则对百官来说，特务机构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐琐事，官中或传为笑谁”，巴山也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。
其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为一件小事责打了太常寺供奉祭祖的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭扫大典。因之这个大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。
事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。
刑部尚书李世达认为这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严辞拒绝，而只是托辞推倭，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两个校尉则给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与分听。
如是情状据实报告到皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于大常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝因而得以保全面子，取得了一精一神胜利。可惜的是这一精一神上的胜利维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差错，群起而攻之。
检举张鲸的奏章中指斥他与某些文官勾结，并且接受贿赂。其所列举的罪状看来都凿凿有据，只是当时勾结为奸，纳贿贪财的一段罪状也可以加之于许多高级廷臣身上，写奏呈的人似乎全米计及。张鲸事后感慨，由于他的嘴巴说话太多，所以才招致了那么多的攻击，不能算是事出无困。只是根本的原因还是在于机构本身，其职务与文臣的利害相违。万历一朝的冲突，文臣占优势，与天启朝厂卫跋扈、提骑气焰冲天的情形恰为尖刻的对照。
起初，万历皇帝还没有意识到事态的严重，他以为对张鲸作一番口头申斥就足以了事。廷臣见参劾无效，索性一不做二不休，准备参劾全部的大学士。以造成张鲸不除、内阁也别想安生的舆论压力。由于群情鼎沸，万历只好承认失败，把张鲸免职。据当时接近皇帝的人透露，这件事曾使皇帝大为伤心。但就在张鲸将去未去之时，尚有一个下级官员不知道皇帝已经屈服，竟然又上了一个奏本，说张鲸如此难去，想必是皇帝陛下也接受了他的贿赂。这种无礼的奚落使这位官员挨了六十廷杖，但是年轻的皇帝却为此而更加心灰意懒。他本来已经对早朝和经筵感到极度厌倦，至此他拿定主意，今后再也不愿意公开接见这些不诚实的、口是心非的臣僚了。他隐居在深宫里，唯一能和他呼吸相通、忧患与共的就是贵妃郑氏。
多年之后，申时行辞职家居，追思往事，他既不埋怨皇上，也不指责自己。他在著作中只是提到了年轻人不知世务，轻举妄动，以致弄得事情不可收拾。他回忆起在他担任首辅八年半的时间中，曾经有过一个绝好的机会禁助皇帝成为尧舜之君。此即1585年张居正一案落实之后、1586年初常询尚未出生之前的几个月。然而这机缘却又这样地短暂，他稍一忽视，就一去而不可再得。
当时的万历皇帝真是一精一神焕发、励一精一图治；对申先生提出的要求也全力以赴，极为难得。在我们形式化的政一府中，表面即是实质。皇帝既能热心参与各种典礼，就充分表示了他的诚意，足以策励臣工趋向勤俭笃实。申时行只要闭起眼睛，就立刻会在记忆中浮起当年皇上步行折雨的一幕情景。这件事发生于1585年，岁次乙酉，即当日“万历之治”可能成为现实的短时间内。
这次祈雨与往常不同。在经过的仪式中，万历第一次也是最后一次向普天之下表示了他关心民痪的诚意。1584年入冬以来，北京一带就缺少雨雪。次年春夏之间亢导更甚，河流见底，并中无水可汲。御前对此极为焦虑，在命令各个地方官求雨无效之后，他决定亲自向上天祈祷。所采用的祈祷的仪式，一部分由礼部在档案中参考成例草拟，但具体细节却出于皇帝御制，比如要求全体人员徒步走赴天坛围丘而置轿马于不用，就完全是他自己的主意。
仪式举行的前三天，皇帝已经斋戒、前一天，他又在宫中奉先殿默告祖宗，随后又面禀慈圣太后。致上天的表文则亲笔称臣签上朱翊钧的名字，先一日送至南郊神库。
一一历5月16日黎明，皇帝驾到皇极门，他的卫士和随从排开成为一个长方形的队伍。此时礼官报告，各官在大明门整队已毕，皇帝就开始步行出发。
北京的居民从来没有看到过这样在严而朴素的仪式。所有的人员，包一皮括皇帝、文武百官和宦官，一律穿蓝色布袍，颈部和下缘以黑布镶边，平日的金银玉带此时全部不用而代之以牛角带。旗帜和乐队也概行免去。大街左边是两千名文官，右边是两千名武官，都列成单行两相对称，浩浩荡荡，和皇帝一起步行前往天坛。
这些幸运的居民得到了一生中唯一的机会亲眼看到了当今天子。祈雨的队伍经过大街，一切交通当然需要暂停。但是天子平时出行时采取的“除道”措施，即要求全部店铺关门、行人敛迹的规定，这次却免予执行。这也是皇恩浩荡，允许小民有一睹天颜的机会。居民们所看到的万历皇帝是一个相貌端正的年轻人，脸圆须短，身材稍胖。他以如此虔诚的姿态迈着稳重的步伐，使看到的人无不为之感动。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。
天坛回丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在暗亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。
行礼既毕，皇帝召集大学士、六部尚书和其他高级官员在左权星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降抗旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能抑体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16目的敕文就体现了这个指示。被文告诫贪赃枉法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户都在灾害严重的地区免征赋税一年。
仪式结束，准备起驾回它，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚停半年。
申时行侍奉皇帝到皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答林‘先生劳苦”。日对这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之下皇帝的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行不能算是一个迷信的人，从各种记录上都看不出他相信通过占卜祈祷的方式就可以和宇宙的神秘的力量有所来往。他在一次给万历的妻章上说，“臣等不习占书，不知事验”，足以清楚地说明了他的态度。同时，也不能认为万历是一个过度迷信的人。在选择皇帝陵寝的过程中，廷臣曾因风水问题，展开了激烈的争辩，最后万历表示“当日 秦始皇 (《万历十五年》人物)在俪山筑陵，何尝不讲究风水。从这一达观的态度来看，他对风水的信仰，也只能在若有若无之间。
但是迷信与非迷信，其间的分野也可能极为模糊。例如，当一个人强迫自己对一件事情、一种前途建立信念，则其与宗教式的皈依就相去极微。因为凡是一个人处于困境，他就不愿放弃任何足以取得成功的可能性，即使这种可能性极为渺茫，没有根据，他也要把它作为自己一精一神上的寄托。在这1585年亢旱的初夏，朝廷上下的情形就和此种情况极为接近。当时一天过去又是一天而仍然是骄一一酷日，人们的焦虑也就达到了最大限度。因为每一个人都知道，皇帝的宫廷不能永远建立在一个土地干得发裂的京城里。皇帝亲自出动，以最虔诚的态度和最庄严的仪式向上天求雨，不论是出于迷信，或者其动机是维系人心，最低限度表示了事情并未绝望。希望就产生于这种人为的奋斗之中。他的挣扎，他的自我责备，以及他对臣僚所作的爱民的训示，都可以安慰困窘中的人心，有如一眼清凉剂。他的政一府一向认为一精一神的力量超过实际，因此他这次求雨即是做皇帝克尽厥职的最高表现。
最后，一场甘霖有如千军万马，突然降临到人间。最初是雨中带雹，旋即转为骤雨，稍停以后又是一阵骤雨，雨势一直延续到第二天。这场雨发生在一一历6月12日，距离皇帝徒步天坛求雨已将近一月，但是任何人也不敢妄议这不是圣心感动上苍的结果。皇帝自己也当仁不让，兴高采烈地命令百官感谢上苍的恩典。首席大学士也为他感到高兴，因为在这时候，万历皇帝可以在一精一神上引以为自一慰和自满的机会已经不是很多了。
申时行理解万历的感情，同情他的处境，但是他和其他文臣一样，仍认定皇帝的职分应当在宫殿之内，除了行礼如仪之外，他不应当置身于其他事情之中，以生轻妄的观感。比如说万历想亲自操练兵马，申时行就会和其他文官合作，竭力阻止。朱翊钩是否有军事天才？这一问题没有历史家能够解答，我们所知道的，则是他即使有任何创造的能力，也因为他身着龙袍，贵为天子，而无法施展表现。而在阻止他发挥个性的群臣中，首席大学士申时行的力量虽不显著，却极为重要。
文官们阻止万历亲自操练兵马，他们自认有历史上的先例，因为本朝除了开基创业的祖宗以外，御驾亲征的事例极少。最近一百年内仅仅有一个正德皇帝做过这样的事情，而正德的行动，又被公认为离开了传统的轨道。为人君者，就应该安居垂裳，所以不仅练兵要遭到反对，就是外出旅行也应该在限制之列。今上的祖父嘉靖皇帝一生，仅在1539年一度回到湖广承天府巡视过他的出生之地，此后的27年中就没有离开北京一步。父是隆庆在位5年余，仅仅到京郊谒陵一次，而且为时只有4日。而万历在1583年春天到1585年夏天却已谒陵4次，这毫无疑问是过于频繁了。
尤其使群臣为之不安的是，谒陵这个庄严的典礼竟成了皇帝督视内操的借口。谒陵的随从武装是御林军。这支军队当年经过张居正的同意而在1581年建立，驻在京城东北角，受御马监太监的节制。近年来，这支部队的兵员倍增，训练加紧，每天黎明以前，马队在街上的铁蹄声每每把居民的好梦惊醒。1584年夏天，一个酷暑蒸人的日子，皇帝亲自在皇城内观看御林军的射箭比赛，比赛延续到傍晚才宣告结束。好几个宦官因为受不了酷日的煎炙而晕倒，而皇帝却依旧神清体健。文官们对皇帝过人的一精一力毫不欣慰，反而接二连三地送上奏本，指责内操的不当。劝说无效，他们就对申时行施加压力，希望首辅运用他的影响使这种操练停止。
从法制上讲，廷臣所提出的冷谏是否具有成宪的根据则很难概说。本朝从没有宣布过皇帝不能亲率禁军。永乐皇帝所用过的长矛一直供奉在午门楼上，就是皇帝带兵的实证。自力正德皇帝的行动虽然大于物议，然而他始终没有向舆论低头。而且以前皇帝的御林军都属于宦官管辖，就此一点，今上的措施也就无法直接批判。因此，文官们只能举出一些道德上的理由，例如兵凶战危，皇上舞剑弄有损承平气象等等，其所用辞语显然不能中肯。
然而文官们的意见又岂能完全忽视？他们是本朝政一府的支柱。全部文臣既以伦理哲学作为基础推行了现今的统治方式，当然讨厌皇帝亲率禁军，造成文武均衡甚至武高于文的局面。只因为他们又个个都是忠臣，不便站在对等的地位去和皇帝谈判，更不能借势要挟。然则这些不便不能之处却役有使他们放弃初衷，即作净谏时，他们胸中有数，意志坚决，目的不达，决不甘休。
老成练达的申时行善于洞察事情的一一和一一。他知道，道德不过是借口，问题的症结是廷臣的安全感。真相既明，他就采取最有效的方式来解决问题。他不事张扬，悄悄地和宦官们谈判。他后来写下的文章，阐述了此中奥妙。申阁老此时质问御马监的诸宦官：几千个官兵带着武器在皇帝身旁，谁能保证他们中间没有人参与做坏事的一一谋？万一有变，其他警卫人员救护不及，谁负得起这样重大的责任？诸位身为将领，又岂能置身事外？首辅还可能在此时提出江彬的先例，用本朝的历史，引证凡是和文官集团公开作对的人，没有一个能得到善终。即使是皇帝最亲信的人，迟早也会被大众清算。这一番危言耸听的游说取得了预期的效果，用申时行自己的话来说，就是“诸档辣然”。
带兵的宦官既已为申时行的言辞所震慑，他们不再愿意参与内操，转而劝说皇帝放弃亲率禁军。这种釜底抽薪的对、法，为效极显；而且皇帝不是一个没有理智的人，他知道如果坚执己意，他和臣下的冲突势必与他叔祖正德一朝的情况相类似。他既不愿意走此极端，迟早就得让步，所以从这时起他就对禁军逐渐不加过问。1585年之后，御马监勇士相次为人遗忘，禁军这一组织也就逐渐于无形中瓦解。
申时行以办理外交的方式来主持内政，御林军事件的顺利结束，更证明了这种方式确实卓有成效。他欣赏自己“从中调剂，就事匡维”这一处世和执政的原则，对待皇帝的办法则是“显谏者不若潜移为妙”。因为这种办法既对皇帝的权威无损，而臣下的目的又可以达到，这比之于臣下在奏章上奚落昏庸的皇帝，而皇帝用荆条痛打犯上的群臣总要高明得多。申时行所始料未及的，就是万历皇帝比他申先生又更高一手，他看透了这种斗争的真情实相，知道自己生气都属无效，莫若用“无为”的办法，对付所有的纠缠，因之他的消极也越来越彻底了。
自从1585年以后，万历除了仅仅于1588年对自己的定陵再度视察过一次以外，30多年，他没有走出过紫禁城一步，创造了自古至今的最高纪录。
皇帝离开京城不到百十里竟然会成为一个严重问题，也是当日国家组织的特别现象。万历于1583年至1585年之间的四次谒陵，其真正的目的是在寻觅及视察他自己的葬身之地。然则既要经过祖墓的附近，渴祭即不可免。既为谒陵，种种仪式自然应当周到齐备。因之每次出发以前，利部必须斟酌成例，拟订各种详情细节，有的陵墓由皇帝亲自祭谒，有的则由驸马等人代为行礼。御驾每次出动，京城立刻戒严，每一座城门都由一位高级文臣和武将共同把守。皇弟潞王当时尚未成年，他的任务是把铺盖搬到德胜门的城楼上居住，密切监视御驾必经之路。这支谒陵队伍声势十分浩荡显赫，其中有陪同皇帝的两位皇太后和皇后皇妃，加上随从的宦官宫女、文官武将、大汉将军、御马监勇士、京军等等，人数多达几千。到了郊外，皇帝及其家属住在佛寺里，对其他随从人员则临时搭盖帐篷以供休息住宿，这一切要先期准备周详，不能少有差错。
在这几十里的道途上，一些地方官、青老以及学校的教官被引导在御前行礼。皇帝对他们慰勉有加，并宣布他所经过的地区免税一年，以酬答当地居民对他这一行所作的供奉。
这样的队伍和排场，两年半之内要组织四次，延臣就感到是过于频繁了。于是，使皇帝扫兴的事情就纷至沓来。北方边镇驰报蒙古部落颇有蠢动的征象，叩清御驾谨慎小心；利部的官员据此坚请皇帝缩短出行的时日。有一次，皇帝的侍卫旁边发生逸马狂奔的非常事件，又有一次有若干文官误入禁地，这些都由御史据实奏报御前，以期引起应有的警惕。经过这些周折，本来应该是很愉快的小事游想已全无乐趣之可言。1589年万历曾经表示还想出巡一次，监察官听到以后立刻上书净谏。他们说，皇上已经感到自己火气过旺，必须放弃早朝以事休养，那么就更不应该出城游玩而使火气增加。皇帝读完这些奏章，从此就没有再提出巡一事。
万历所巡视的为自己领筑的陵墓动土于1584年的夏季。这项巨大的工程微妙地体现了把皇帝不当作一个有血有肉的人，而把他当作一种机构的看法。万历皇帝缺乏坚强的意志和决心，但并不缺乏清醒和机灵的头脑，然而他竟欣然接受了这种一精一神上的活埋。
陵墓内的葬室筑有停放样官的石床。石床上留出来的位置共有三个，除了皇帝和皇后以外，还有一个位置留给下一代皇帝的生母。万历目睹之余，不禁感慨系之。他所心爱的女人即使不能在生前成为皇后，在死后也应当陪伴在他的身旁。否则，他和世界上唯一能够合相印的女人在皇城的寺院里双双桥涛又所为何来呢？朱翊钧在生之日有妃嫔数十，宫女无数，可是与皇贵妃郑氏始终形影不离。可见生死同心，是他们的宿愿。这样美好的宿愿又是否能成为现实呢？当日皇帝想到这些，这大峪山的工程，就又和立储一事相始终而不可分割了。
皇帝在世之日预筑陵寝，在本朝有洪武、永乐、嘉靖三朝的成例可援。其不同之处，在于定陵竟然预筑于万历皇帝的青年时代。据申时行后来说，这一建议始创于1583年张四维做首辅的时候，当时皇帝还不足20岁。但这建议一经提出，他立即欣然同意，并亲自参与地址的选择和工程的设计。他当然不是认为自己去死不远，而是踌躇满志地感到他已经不折不扣地取得了列祖列宗的地位，足以让千秋万岁之后的人们崇敬。同时，他虽然年未二十，但是已为人父，而且御宇已经10年，具有足够的资格承当这一光荣。
这次预筑陵寝的工程和别项工程不同，差不多完全没有廷臣劝谏。惟一的争执在于风水问题，已如上文所述。最后由于皇帝定衷独断，才平息了这场纠纷。争论者没有想到，平日他们以道德的名义解决技术问题，现在却要用技术的名义去解决道德问题，只是皇帝以秦始皇和骊山为例，不肯过于讲究，以致坚持风水的人，不能继续用这个名目作党争的根据。
筑陵是本朝大事，有司职责所系，于是组成了一个类似于委员会的机构，成员有尚书三人、司利监太监和高级军官数人，总其成的是定国公徐文壁和首辅申时行。军官之所以参加这个机构，是由于大量的土木工程需要兵士的体力。徐文壁是开国勋臣徐达之后，各种重要的礼仪都少不了由他领衔，而全部的掌划经营无疑还要由申时行一力承担。到1587年，申时行已亲赴大峪山督工多次，其尽瘁王事的忠忱，当然会被年轻的皇帝所体会并因此增加对于申先生的信任。
定陵的建筑经过详见于当日工部的记录报告之中，其建筑结构则因1956年的发掘而为400年后的人们所了解。整个看来，玄宫的宗教色彩浓厚。其石制椅案缀饰以帝后的标志如龙凤，其下缘则为莲瓣，乃是佛家传统。其懵懂于下世超生的观念，实际上是一种希望，一种幻想。内中埋藏的金银和资质的面盆固然予人以现实化的感觉；可是木雕的人涌马匹却又只有玩具一样大小，显示着筑陵的人将“长生不死”的观感，认作一种心理状态，只能于半信半疑问得之。
今天，有思想的观光者，走进这座地下宫殿的玄官，感触最深的大约不会是这建筑的壮丽豪奢，而是那一个躺在石床中间、面部虽然腐烂而头发却仍然保存完好的骷髅。它如果还有知觉，一定不能瞑目，因为他心爱的女人，这唯一把他当成一个“人”的女人，并没有能长眠在他的身旁。同时，走近这悲剧性的骸骨，也不能不令人为这整个帝国扼腕。由于成宪的不可更改，一个年轻皇帝没有能把自己创造能力在政治生活中充分使用，他的个性也无从发挥，反而被半信半疑地引导进这乌有之乡，充当了活着的祖宗。张居正不让他习字，申时行不让他练兵，那么他贵为天子并且在年轻时取得了祖宗的身份，对事实又有什么补益？富有诗意的哲学家说，生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。这里的地下玄宫，加上潮湿霉烂的丝织品和胶结的油灯所给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。他朱翊钧生前有九五之尊，死后被称为神宗显皇帝，而几百年之后他带给人们最强烈的印象，仍然是命运的残酷。
至于首辅申时行，他在监督定陵工程的时候究竟产生过多少感想，又产生过多少感慨，在留传到今天的官方文件上自然是查不到的。我们所能看到的是申时行在参与了破土典礼以后给皇帝的祝辞：“永绥列圣之神灵，预卜万年之兆域。”我们还能看到的是他在1586年举行正殿上梁典礼以后给皇帝的祝辞：“爱厮升栋之辰，适应小春之候。先期则风和日暖，临时则月朗星辉。臣工妹舞以扬体，民庶欢呼而趋事。”这些辞藻上的对偶和华丽表现了想象中的至美至善，但是皇帝和他的老师彼此也都明白，对这样的文字不能过于认真。因为其时陵墓工程已延续多年，其耗用的财力已使国库受到影响，而征用的军民人力，也应当使“欢呼而趋务”者感到了难以解脱的痛苦。1587年即万历十五年国史上记有这么一条：“赔寿宫工人汤药及老弱饥号难以回乡者路费。”这条通令不可能未经皇帝和总揽工程的首席大学上过目，但是所谓赏赐是否确实发下，发下的数字又是否足敷使用，则无从证实了。